Тамыздың 23-і Қазақстан президенті Нұрсұлтан Назарбаев Ұлттық қауіпсіздік комитетінің жаңа төрағасы етіп Нұртай Әбіқаевты тағайындады. Әбіқаев 1998-1999 жылдары дәл осы қызмет орнында жұмыс істеп кеткен болатын. ҰҚК-нің жаңа басшысы бұрынғы қызметтерінен әртүрлі дау-дамайға ілініп кетіп отырған еді.
Қазақстан президенті осымен екінші мәрте Ұлттық қауіпсіздік комитетін басқаруды өзінің сенімді саяси серігі Нұртай Әбіқаевқа тапсырып отыр. Бір жылға жетпейтін мерзім төрағалық атқарған Әділ Шаяхметов «басқа жұмысқа ауысуына байланысты қызметінен босатылды» деген мәлімет таратады Қазақстан президентінің ресми вебсайты.
1998 жылдың қыркүйегінде Әлнұр Мұсаевтан кейін қауіпсіздік комитетін басқарған Нұртай Әбіқаев 1999 жылғы тамыз айында қызметінен кетуге мәжбүр болған еді. «Ұлттық қауіпсіздік комитетінің төрағасы Солтүстік Кореяға заңсыз түрде әскери техника сатты» деген мәлімет жарыққа шығып кеткен соң «өз еркімен қызметтен кетті» деген ақпарат бойынша Әбіқаев орнынан бірден түсіп қалған еді.
Бұдан кейін Нұртай Әбіқаев екі мәрте (2000-2002 ж.ж., 2008-2010 ж.ж.) сыртқы істер министрінің бірінші орынбасары, президент әкімшілігінің жетекшісі (2002-2004 ж.ж.), Сенат төрағасы (2004-2007 ж.ж.) және Қазақстанның Ресейдегі елшісі (2007-2008 ж.ж.) қызметтерін атқарды.
2006 жылы «Нағыз Ақ жол» партиясының тең төрағасы Алтынбек Сәрсенбайұлы қастандықтан қаза тапты. Көп кешікпей саясаткерді өлтіруге тапсырыс берген сол кездегі Сенат төрағасы Нұртай Әбіқаевтың жақын серігі, аппарат жетекшісі Ержан Өтембаев болып шықты. Сол шақта оппозиция өкілдері Алтынбек Сәрсенбайұлының өліміне қатысты Қазақстан президентінен Нұртай Әбіқаевты жауапқа тартуды талап етті. Ресми билік оның бұл қылмысқа еш қатысы жоқ екенін мәлімдеді. Әбіқаев болса көп ұзамай Ресейге дипломатиялық қызметке ауысты да, соңғы екі жылға жуық уақыт сыртқы істер министрінің бірінші орынбасары болып жұмыс істеп келді.
Нұртай Әбіқаевты Қазақстандағы саяси ортада президенттің кадр саясатына ықпал ете алатын өтімді адам ретінде таниды.